Con frecuencia se opone la ciencia a la ética, como si aquella tuviera por objeto de estudio una realidad objetiva, visible, tangible, medible… mientras que la ética es considerada como un saber sobre sentimientos, lindante con la poesía. Ciertamente, en la mayoría de los casos, los datos sobre los que la ciencia obtiene sus conclusiones se pueden ver, medir, oír, tocar. Aunque en la ética hay también unos datos objetivos (como es la propia experiencia moral, el dinamismo de nuestras pasiones, nuestra constitución psico-física, la tradición y el lenguaje) lo que diferencia a la ética respecto a la ciencia reside principalmente en la consideración de la causalidad final. La causa final de algo es el motivo por el que existe ese algo, la razón de su existencia, el para qué de su ser. La ciencia no se pregunta por las causas finales: describe procesos, regularidades, composiciones, pero no razones ni motivos. La ética en cambio se ocupa principalmente de las causas finales últimas del obrar humano: un acto será bueno o malo moralmente si sirve al hombre para lograr el fin por el que fue creado, y a esto no da respuesta la ciencia.
Porque la ciencia no es capaz de dar respuesta a la pregunta decisiva y que más interesa a todo el mundo: qué es lo que me realiza, o dicho más llanamente: ¿qué es lo que me hace feliz? La ciencia, precisamente porque no da respuesta a esa pregunta fundamental, tampoco es capaz de identificar las virtudes humanas. La filosofía moral o ética sí puede.
La ética estudia cosas tan importantes para la vida dedel ser humano como las virtudes morales (incluida la justicia), que contribuyen a disponer al ser humano adecuadamente hacia su fin último.
La filosofía moral, y no la ciencia experimental -aunque la filosofía se sirva de las conclusiones de la ciencia experimental- nos enseña que las inclinaciones naturales no son obstáculos para la plena realización humana, sino elementos necesarios, una suerte de alicientes sin los cuales la vida humana «puramente racional» sería, a la par que inhumana, completamente imposible.
La filosofía moral, y no la ciencia experimental, nos enseña que no es competencia de la razón sofocar los apetitos sensitivos o pasiones, sino, al contrario, apoyarse en ellos y moderarlos, y terminar de formarlos, imponiéndoles orden y concierto, afinándolos y manteniéndolos «afinados» para que todos interactúen armónicamente en la consecución de la plena realización humana. Precisamente por esto, Santo Tomás dice que las inclinaciones son principios de la ley natural, ya que por ellas comienza la labor ordenadora de la razón; labor que consiste en trazar el plan más adecuado para conseguir una realización humana integral.
Una vez argumentado por qué la ciencia experimental no puede dar respuesta a muchas cuestiones fundamentales, a las que sí puede responder la filosofía, con un método diferente, pero no por eso irracional, hemos de reconocer que muchos autores pre-modernos, teólogos y filósofos, cometieron el error inverso: trataron de dar respuesta con la filosofía a cuestiones que sólo la ciencia experimental puede explicar. Ni se puede hacer filosofía sólo con el método propio de las ciencias experimentales, ni se puede hacer ciencia experimental con el método filosófico.
En este sentido, escribe Peter Kreeft «no veo ninguna contradicción entre la metafísica de Aristóteles y la física de Einstein; pero sí entre la física de Aristóteles y la de Einstein. Y sí que veo una contradicción entre la metafísica de Aristóteles y la metafísica moderna, y creo que los modernos están tan equivocados en su metafísica como los antiguos lo estaban en su física»