El nazismo no fue tan solo un sistema político; de su misma esencia forma parte una ideología que intentaba no solo injerir en todos los ámbitos de la vida, pública y privada, sino también suplantar la religión. De ahí que, por ejemplo, el Obispo Clemens August von Galen lo denomine «neopaganismo» o que el campesino austriaco Franz Jägerstätter, que pagó con su vida el objetar contra la llamada al ejército, se refiriera a él como «el peor y más peligroso poder anticristiano que ha existido jamás».
Y esta no era únicamente la opinión de algunos católicos que se sintieron oprimidos y perseguidos por el nacionalsocialismo; así lo declararon los mismos jerarcas nazis. Por ejemplo, el ministro de Propaganda Joseph Goebbels escribió en su diario: «El nacionalsocialismo es religión (…). El nacionalsocialismo se tiene que convertir en la religión oficial de los alemanes». Afirmaciones similares se encuentran en anotaciones o declaraciones de otros altos cargos del partido nazi NSDAP, como por ejemplo: «El nazismo es a las confesiones cristianas lo que el fuego al agua».
Eugenio Pacelli, el futuro Pío XII, que fue Nuncio en Alemania entre 1917 y 1929, detectó desde un primer momento el carácter pagano y anticristiano del nazismo. En noviembre de 1923, cuando Adolf Hitler se dio a conocer a una opinión pública amplia con su intento de golpe de Estado en Múnich, la Nunciatura que presidía Eugenio Pacelli se encontraba en esa misma ciudad. Desde la capital bávara, el Nuncio Pacelli informó al Vaticano calificando el movimiento de Hitler de «fanáticamente anticatólico».
Esta opinión del Nuncio la fueron haciendo suya, uno tras otro, los obispos alemanes; del Cardenal de Múnich, Michael Faulhaber, partió la iniciativa de prohibir a los católicos la pertenencia al partido nazi, cuya ideología calificó en noviembre de 1930 de «herejía e incompatible con la visión cristiana del mundo». Esta actitud la fueron adoptando otros Obispos; la postura del episcopado alemán tendría consecuencias concretas para las elecciones del 31 de julio de 1932, que desembocaron en la formación del primer Gobierno bajo la cancillería de Hitler. en las elecciones no fueron los católicos los que votaron al NSDAP. Todo lo contrario: cuanto mayor porcentaje de población católica tenía un distrito electoral, tanto menos votos obtuvo el partido nazi allí, y viceversa: el NSDAP obtuvo tanto más votos cuanto menor era el porcentaje de católicos en un determinado distrito.
El Cardenal de Múnich, Michael Faulhaber, desempeñó un papel fundamental en la encíclica «Mit brennender Sorge» («Con preocupación ardiente») que Pío XI publicó el 14 de marzo de 1937, pues redactó la minuta, que luego corregiría el entonces Secretario de Estado, Eugenio Pacelli. La Encíclica tuvo una repercusión enorme, pues —en palabras del Ministro alemán de Asuntos Exteriores— suponía un «desafío al Gobierno». De hecho, nunca antes se habían hecho tales acusaciones al régimen nazi. Nadie en Alemania había tenido la valentía de enfrentarse abiertamente al nazismo como lo hizo el Vaticano con esa encíclica.
El nazismo persiguió a un buen número de sacerdotes, a los que sometió a vigilancia y prohibiciones; muchos acabaron en campos de concentración: en el de Dachau estuvieron prisioneros 2.579 sacerdotes de 24 países, de los cuales 1.034 fueron asesinados.